A katonai szervezet alapvető rendeltetése a haza fegyveres védelme és az államhatár biztosítása, valamint a válságkezelési feladatokban való részvétel.

1951. november l-én Mezőtúron alakult meg a dandár jogelődje lövészezredként. Több szervezeti átalakítást és átfegyverzést követően 1987-ben az ezredet gépesített lövészdandárrá szervezték át, majd 1990 és 1991 között Debrecenbe települt.
1990. szeptember 29-én a dandár felvette Bocskai István, Erdély fejedelmének nevét. 2004-ben a korábban Nyíregyházán elhelyezett alegységek Debrecenbe, valamint Hajdúhadházra települtek. Ezzel egyidőben a dandár alárendeltségébe került a hódmezővásárhelyi 62. Bercsényi Miklós Gépesített Lövészdandárhoz tartozó két könnyűlövész zászlóalj, valamint a helyőrségben tartózkodó alegységek is.
A honvédelmi miniszter 2007. március l-i hatállyal megalapította a Magyar Honvédség 5. Bocskai István Lövészdandárt. Ugyanekkor került a dandár alárendeltségébe (2007-2018 között) az Egerből áttelepült 24. Bornemissza Gergely Felderítő Zászlóalj (24. BGFZ).
2010-to1 mindhárom helyőrségben megkezdődött az Önkéntes Műveleti-, illetve Önkéntes Védelmi Tartalékosok rendszeres kiképzése.
Meghatározó esemény volt a 2011. február 3-án végrehajtott név- és zászlóadományozó ünnepség, amikor a honvédelmi miniszter az 1756. december 15-én alapított 39-es Császári és Királyi Gyalogezred sárga zászlójának másolatát adományozta az 1. lövészzászlóaljnak. Ezzel egyidőben az alegység felvette Debrecen egykori háziezredének hadrendi számát.
A folyamatos kiképzések, missziós szolgálatok során szerzett tapasztalatoknak köszönhetően több alegysége is sikeresen szerezte, majd újította meg a NATO CREVAL minősítést.
A Magyar Honvédség átalakítása során 2023. január 1-től a hódmezővásárhelyi alegységek kiválásával egyidőben új szervezeti felépítésre tért át, megnevezése és hadrendi száma megváltozott: Magyar Honvédség Bocskai István 11. Páncélozott Hajdúdandár.

Április 20. Hozzá kötődő esemény: Bocskai Istvánt a magyarországi rendek 1605. április 20-án, Szerencsen Magyarország és Erdély fejedelmévé kiáltják ki.

Jelmondata: Becsület, Bátorság, Helytállás

Vezető szervek:

Parancsnokság

Törzs

Parancsnok közvetlen vezetési elemek

Harctámogató alegységek:

Híradó és Vezetéstámogató Század

Harctámogató Műszaki Század

Harcoló alegységek:

39. Gépesített Lövészzászlóalj

Harckiszolgáló-támogató alegység:

Logisztikai zászlóalj

Helyőrség-támogató alegység:

Helyőrség-támogató Parancsnokság

VEZETŐ ÁLLOMÁNY

Legoza Bálint ezredes, parancsnok

Rácz Szabolcs alezredes, parancsnokhelyettes

Szabó Róbert ezredes, törzsfőnök

Kiss Róbert törzszászlós, vezénylőzászlós

A nemzetközi vállalásoknak eleget téve a dandár katonái a világ számos pontján teljesítettek és teljesítenek missziós feladatokat, legnagyobb létszámmal a Balkánon, Koszovóban.

A dandárnak számos készenléti feladata van, melynek keretében szakasz, század és zászlóalj szintű készenléti erőket biztosít meghatározott készenléti időkkel. Rendelkezik egy, a NATO számára felajánlott Zászlóalj Harccsoporttal, valamint a 2023. január 01-től készenlétbe lépett Magyar Honvédség Közepes Dandár gerincét is a Bocskai-dandár katonái alkotják.

A Többnemzeti Szárazföldi Kötelék (MLF- Multinational Land Force) dandárszintű nemzetközi erő, amely- elsősorban békefenntartó feladatok végrehajtására – olasz, magyar és szlovén részvétellel jött létre. Az MLF alapjain 2007. január elsejével alakult meg az olasz-szlovén-magyar Európai Unió Harccsoport (EU BG- European Union Battlegroup). Később, az MLF bázisán megalakított Védelmi Együttműködési Kezdeményezés (EU DECI- Defence Cooperation Initiative) harccsoporthoz további két nemzet, Ausztria és Horvátország csatlakozott. A szövetség az Adriai-tenger környezetében található országok mélyebb katonai együttműködésének előmozdítására irányul, a régió stabilitásának, biztonságának megerősítése érdekében.

A katonai szervezet alapvető rendeltetése a haza fegyveres védelme és az államhatár biztosítása, valamint a válságkezelési feladatokban való részvétel.